鼻咽部的具体位置在咽喉部的最上方、双侧鼻腔的后方。在鼻咽部的两侧是咽鼓管咽口，鼻咽部会通过咽鼓管与鼓室相通，一旦咽鼓管发生堵塞，容易引起鼓室积液或者鼓室负压；鼻咽部的下方与口咽部直接相通，而咽鼓管咽口的后上方弧形隆起是咽鼓管圆枕，通常认为双侧的咽隐窝和鼻咽顶后壁是鼻咽癌的好发位置。
鼻咽属于咽腔的一部分，向前经鼻后孔通鼻腔，指的是腭帆平面以上的部分。鼻咽后上壁的黏膜上存在着丰富的淋巴组织，称为咽扁桃体，在幼儿时期较为发达，10岁之后几乎完全退化。由于鼻咽腔通过咽鼓管咽口与中耳鼓室相通，因此咽部一旦发生感染，细菌容易经过咽鼓管传播到中耳中，引起中耳炎。